Atas dasar keputusan Presiden RI No 116, tahun 1999 tentang Badan Koordinasi Narkotika Nasional, maka di tingkat Provinsi dibentuk Badan Koordinasi Narkotika Daerah (BKND) Sulawesi Tengah pada tanggal 14 Desember 2000 dengan surat keputusan Kapolri No. : Skep/13/XII/2000/BKNN tentang pembentukan dan pengesahan BKND Sulawesi Tengah. Selanjutnya di tingkat Kota/Kabupaten dibentuklah Badan Koordinasi Narkotika Daerah Kota/Kabupaten yang ditetapkan pada tanggal 12-6-2001 dengan surat keputusan Ketua Badan Koordinasi Narkotika Daerah (BKND) Sulawesi Tengah Nomor : Skep/52/VI/2001/BKND tanggal 11 Juni 2001 tentang pembentukan dan pengesahan BKND Kota/Kabupaten se Sulawesi Tengah.

Dengan adanya Keputusan Presiden RI Nomor : 17 tahun 2002 tanggal 22 Maret 2002 tentang Badan Narkotika Nasional (BNN), keputusan Presiden RI Nomor : 116 tahun 1999 tidak berlaku lagi. Selanjutnya di tingkat Provinsi dan Kota/Kabupaten diubah namanya menjadi Badan Narkotika Provinsi dan Badan Narkotika Kabupaten/Kota sesuai dengan pasal 11 Keputusan Presiden RI nomor : 17 tahun 2002 yang berbunyi antara lain

1. Di Provinsi dan kabupaten/Kota dapat dibentuk Badan Narkotika Provinsi dan Badan Narkotika Kabupaten/Kota.
2. Badan Narkotika Provinsi ditetapkan oleh Gubernur.
3. Badan Narkotika Kabupaten/Kota ditetapkan oleh Bupati / Walikota.

Setelah itu, muncul Peraturan Presiden Nomor 83 Tahun 2007 tanggal 23 Juli 2007 tentang Badan Narkotika Nasional, Badan Narkotika Provinsi dan Badan Narkotika Kabupaten/Kota, pada Bab II Pasal 15 menyebutkan bahwa Badan Narkotika Provinsi yang selanjutnya disebut BNP adalah lembaga non struktural yang berkedudukan dibawah dan bertanggung jawab langsung kepada Gubernur dan pada Pasal 19 dan 20 disebutkan bahwa untuk memperlancar pelaksanaan penyelenggaraan tugas dan fungsi BNP dibentuk Pelaksana Harian Badan Narkotika Provinsi yang selanjutnya disebut Lakhar BNP yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Ketua BNP.

Pemerintah Provinsi Sulawesi Tengah menindaklanjuti kebijakan itu dengan mengeluarkan Peraturan Daerah Nomor 03 Tahun 2009 tanggal 18 Februari 2009 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Lain Bagian Dari Perangkat Daerah Sulawesi Tengah. Dalam Bab II : Pasal 2 disebutkan tentang Pelaksana Harian Badan Narkotika Provinsi (LAKHAR BNP) Sulawesi Tengah.

Dalam Bab V tentang Kedudukan, Tugas Pokok dan Fungsi pada Pasal 14 ayat (1) dinyatakan bahwa Lakhar BNP merupakan lembaga struktural yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Wakil Gubernur sebagai Ketua BNP, sedangkan untuk Tugas Pokok Pelaksana Harian BNP Sulawesi Tengah tertuang dalam Pasal 15 yaitu melaksanakan tugas pemerintahan sebagai pembantu Wakil Gubernur sebagai Ketua BNP dalam hal mengkoordinasikan perangkat daerah dan instansi pemerintah daerah dalam penyusunan kebijakan dan pelaksanaan kebijakan operasional BNN di bidang P4GN.

Pada tahun 2010, Badan Narkotika Provinsi Sulawesi Tengah dibentuk dengan Keputusan Gubernur Sulawesi Tengah Nomor 821.22/99/BKPPD-6.ST/2010 tanggal 9 Maret 2010 tentang Pengangkatan Dalam Jabatan Struktural Gubernur Sulawesi Tengah. Dalam lampirannya disebutkan bahwa Kepala Biro Organisasi pada Sekretariat Daerah Provinsi Sulawesi Tengah diangkat sebagai Kepala Pelaksana Harian BNP Sulawesi Tengah.

Keluarnya Undang-Undang Nomor 35 Tahun 2009 tanggal 12 Oktober 2009 tentang Narkotika memperkuat kelembagaan BNN serta kewenangan dibidang penyidikan dan penyelidikan. Undang-undang nomor 35 tahun 2009 menyatakan BNN merupakan lembaga Pemerintah non Kementerian yang berkedudukan di bawah Presiden dan bertanggung jawab kepada Presiden serta mempunyai perwakilan di daerah provinsi dan kabupaten/kota sebagai instansi vertikal.

Hal tersebut dipertegas dengan terbitnya Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 23 Tahun 2010 tanggal 12 April 2010 tentang Badan Narkotika Nasional yang menyatakan Instansi Vertikal BNN terdiri dari BNN Provinsi yang selanjutnya disebut BNNP dan BNN Kabupaten/Kota yang selanjutnya disebut BNNK/Kota dan pada Pasal 33 dinyatakan bahwa BNNP mempunyai tugas, fungsi dan wewenang BNN dalam wilayah Provinsi.

Keberadaan Badan Narkotika Nasional Provinsi (BNNP) merupakan amanat UU Undang-Undang Nomor 35 Tahun 2009 tentang Narkotika (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2009 Nomor 143, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 5062) yang mana menyebutkan bahwa BNN memiliki perwakilan di Provinsi dan Kabupaten / Kota. Sedangkan BNN Provinsi dan BNN Kabupaten/Kota merupakan insansi vertikal. Organisasi BNNP tertuang dalam Peraturan Kepala Badan Narkotika Nasional Nomor : PER / 04 / V / 2010 / BNN tentang Organisasi Dan Tata Kerja Badan Narkotika Nasional Provinsi Dan Badan Narkotika Nasional Kabupaten/Kota.

Oleh karena itu, setelah BNN berdiri, BNP yang ada di wilayah Provinsi Sulawesi Tengah berubah menjadi Instansi Vertikal di BNN RI. Sejak saat itu, Kebijakan BNNP berdasarkan pada BNN RI. Demikian halnya dengan Anggaran pelaksanaan yang bersumber dari APBN.